1-  الادارة العامة للموارد البشرية والمالية

  •   إدارة تنمية الموارد البشرية
  •   إدارة الخدمات الإجتماعية
  • إدارة التدريب وبناء القدرات
  •  إدارة العقارات
  •  إدارة شئون العاملين
  • الادارة المالية 

 2- الادارة العامة للمراسم

•    إدارة الحصانات والإمتيازات
•    إدارة التشريفات

 3-   الادارة العامة للتعاون الدولى   

•    إدارة التعاون الاقتصادى والفنى
•    إدارة القانون الدولى والمعاهدات
•    إدارة المنظمات الدولية
•    إدارة التعاون الثقافى

4- الادارة العامة للقضايا العالمية

•    إدارة حقوق الانسان والمراة والطفل
•    إدارة شئون البيئة
•    إدارة المياه والموارد الطبيعية

5- الادارة العامة للشئون القنصلية

•    إدارة الحدود والاجانب
•    إدارة القنصليات والمغتربين
•    إدارة التوثيق

6- الادارة العامة للتخطيط والبحوث والدراسات

•    إدارة البحوث والدراسات
•    إدارة التخطيط والسياسات

7- الإدارة العامة للعلاقات الثنائية

•    إدارة الشئون الافريقية
•    إدارة شئون جنوب السودان
•    إدارة الشئون الاسيوية
•    إدارة شئون الصين
•    إدارة الشئون الاوربية
•    إدارة الشئون العربية
•    إدارة دول الجوار
•    إدارة الشئون الامريكية
•    إدارة شئون مصر
•    إدارة الاتحاد الافريقى
•    إدارة المنظمات شبه الاقليمية

8- الادارات التابعة للسيد الوكيل

- المكتب التنفيذى
 - إدارة الاعلام
 - إدارة السلام والشئون الانسانية
- مركز المعلومات والاتصالات
- إدارة لجنة العمل الإستراتيجي
- مكتب المستشار القانوني
- وحدة الترجمة
- إدارة التأمين
-مدير مكتب السيد الوزير
- مديري مكاتب السادة وزراء الدولة

9- الوحدات التابعة                 

   -  مركز الدراسات الدبلوماسية
    - جمعية نساء السلك الدبلوماسي
    - الاكاديمية السودانية العالمية
    - دار وزارة الخارجية
    - النادي الدبلوماسي